《办法》对证券登记结算机构主要职能予以了详细说明，并规定证券登记结算机构业务规章规则的制定和修改、重大业务事项、年报等应报证监会批准，或向证监会报告。
《办法》要求，证券登记结算机构应当妥善保存登记、存管和结算的原始凭证及有关文件和资料，保存期限不得少于20年；应当公开业务规则、与证券登记结算业务有关的主要收费项目和标准。
《办法》规定，证券和资金结算实行分级结算原则。证券登记结算机构负责办理证券登记结算机构与结算参与人之间的集中清算交收；结算参与人负责办理结算参与人与客户之间的清算交收。《办法》要求证券登记结算机构应当设立证券集中交收账户和资金集中交收账户，用以办理与结算参与人的证券和资金的集中清算交收。
因证券登记结算机构的原因导致清算结果有误的，结算参与人在履行交收责任后可以要求证券登记结算机构予以纠正，并承担结算参与人遭受的直接损失。
